Otrzymanie zaliczki, co do zasady, powoduje powstanie obowiązku podatkowego w VAT i obowiązek wystawienia faktury. Do wszystkich faktur ustrukturyzowanych wystawianych od 1 lutego 2026 r. stosuje się strukturę logiczną FA(3).

Rozliczenie VAT od zaliczki

Gdy podatnik otrzyma zapłatę lub jej część (w szczególności przedpłatę, zaliczkę, zadatek) przed dokonaniem dostawy towarów lub wykonaniem usługi, obowiązek podatkowy powstaje tylko w odniesieniu do tej kwoty, z chwilą jej otrzymania.

Przy czym przepisy o VAT przewidują przypadki, kiedy podatnik nie ma obowiązku rozliczenia VAT w momencie otrzymania zaliczki. Dotyczy to czynności wymienionych w art. 19a ust. 5 pkt 4 ustawy o VAT (Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), czyli m.in. dostawy mediów czy usług najmu, dzierżawy, leasingu lub usług o podobnym charakterze. Wyjątek dotyczy ww. usług, do których stosuje się art. 28b ustawy o VAT, stanowiących import usług.

Obowiązku podatkowego nie spowoduje również otrzymanie całości lub części zapłaty z tytułu dostaw towarów, w stosunku do których obowiązek podatkowy powstaje zgodnie z art. 19a ust. 1b ustawy o VAT.

Faktura zaliczkowa

Podatnik, który otrzymał zaliczkę, powinien ją udokumentować fakturą (zaliczkową). Sporządza się ją nie później niż 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym otrzymano zaliczkę. Przepisy o VAT dopuszczają także możliwość wystawienia faktury zaliczkowej przed otrzymaniem zaliczki, jednak nie wcześniej niż 60 dni przed tym terminem.

Ponadto, zgodnie z art. 106b ust. 1a ustawy o VAT, podatnik nie jest obowiązany do wystawienia faktury zaliczkowej, jeżeli całość lub część zapłaty otrzymał w tym samym miesiącu, w którym dokonał czynności, na poczet których otrzymał całość lub część tej zapłaty. Zasada ta nie dotyczy przypadków wynikających z regulacji zawartych w art. 106i ust. 3-8 ustawy o VAT, tj. dotyczących szczególnych terminów wystawiania faktur.

Trzeba pamiętać, że w przypadku niewystawienia przez podatnika faktury zaliczkowej z powodów określonych w art. 106b ust. 1a ustawy o VAT wystawiona przez podatnika faktura po wydaniu towaru lub wykonaniu usługi musi zawierać dodatkowo datę dokonania lub zakończenia dostawy towarów lub wykonania usługi i datę otrzymania zapłaty, o ile taka data jest określona i różni się od daty wystawienia faktury.

Od 1 lutego 2026 r. podatnik będzie wystawiał fakturę ustrukturyzowaną w strukturze logicznej FA(3). Charakterystyczne elementy e-Faktury zaliczkowej, poza podstawowymi jej danymi, to w szczególności:

• data otrzymania całości lub części zapłaty przed wykonaniem usługi lub dokonaniem dostawy towarów (o ile taka data jest określona i różni się od daty wystawienia faktury) – ujęta w polu P_6 lub
• daty otrzymania całości lub części zapłaty przed wykonaniem usługi lub dokonaniem dostawy towarów – ujęte w elemencie ZaliczkaCzesciowa (który może wystąpić w strukturze maksymalnie 31 razy) i dotyczy wyłącznie sytuacji, gdy:
  • jedna faktura dokumentuje otrzymanie więcej niż jednej zaliczki – wtedy w przypadku dokumentowania np. dwóch zaliczek jedną fakturą zaliczkową element zostanie wypełniony dwa razy (data otrzymania danej zapłaty zostanie wskazana w polu P_6Z, a kwota zapłaty kwoty w polu P_15Z); fakultatywnie można wypełnić także pole KursWalutyZW (kurs waluty stosowany do wyliczenia kwoty VAT, w przypadku, gdy otrzymano zaliczkę w walucie obcej),
  • zaliczka oraz usługa/dostawa miały miejsce w tym samym miesiącu i podatnik zdecydował, iż nie wystawia odrębnej faktury zaliczkowej, a w fakturze dokumentującej usługę/dostawę będą podawane dane dotyczące otrzymanej zapłaty,
• oznaczenie „ZAL” (faktura dokumentująca otrzymanie zapłaty lub jej części przed dokonaniem czynności oraz faktura wystawiona w związku z art. 106f ust. 4 ustawy o VAT), w polu RodzajFaktury,
• wypełnione pola dotyczące podsumowania podstawy opodatkowania oraz kwot podatku w zależności od właściwej stawki podatku, w odniesieniu do kwoty otrzymanej zaliczki (P_13_1, P_14_1, P_14_1W, P_13_2, P_14_2, P_14_2W itp.),
• kwota należności ogółem (kwota otrzymanej zapłaty, czyli wartość zaliczki) dokumentowana fakturą, wskazana w polu P_15 (jeżeli faktura dokumentuje kilka zaliczek, to pole P_15 obejmuje sumę pól P_15Z),
• wypełniony element FakturaZaliczkowa (w przypadku, gdy wystawiono więcej niż jedną fakturę dokumentującą otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur powinna zawierać dane wcześniej wystawionych faktur zaliczkowych),
• wypełniony element Zamowienie,
• pominięty element FaWiersz.

Faktura końcowa

W sytuacji gdy faktura zaliczkowa nie obejmuje całej zapłaty, w fakturze wystawianej po wydaniu towaru lub wykonaniu usługi sumę wartości towarów lub usług pomniejsza się o wartość otrzymanych części zapłaty, a kwotę VAT pomniejsza się o sumę kwot VAT wykazanego w fakturach dokumentujących otrzymanie części zapłaty. W przypadku gdy wystawiono więcej niż jedną fakturę dokumentującą otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery identyfikujące poprzednie faktury w KSeF, a w przypadku faktur innych niż faktury ustrukturyzowane – numery poprzednich faktur (art. 106f ust. 4 ustawy o VAT).

Charakterystyczne elementy tego typu dokumentu (poza podstawowymi danymi) to w szczególności:

• w polu RodzajFaktury wskazane oznaczenie „ROZ” (faktura rozliczająca),
• wypełnione pola dotyczące podsumowania podstawy opodatkowania oraz kwot VAT w zależności od właściwej stawki (P_13_1, P_14_1, P_14_1W, P_13_2, P_14_2, P_14_2W itp.), odnoszące się wyłącznie do kwoty pozostałej do zapłaty (czyli kwoty zapłaty końcowej),
• kwota należności ogółem (kwota pozostała do zapłaty) ujęta w polu P_15,
• wypełniona sekcja ZaliczkaCzesciowa, w której wskazuje się dane dotyczące otrzymanej zaliczki, w przypadku faktury, rozliczającej, wystawianej po wydaniu towaru lub wykonaniu usługi, w przypadku, gdy podatnik nie wystawił faktury zaliczkowej,
• wypełniony element FakturaZaliczkowa (jeżeli wystawiona wcześniej faktura zaliczkowa nie obejmuje całej zapłaty, faktura rozliczająca, powinna również zawierać numery identyfikujące w KSeF faktury wystawione przed wydaniem towaru lub wykonaniem usługi, a w przypadku faktur innych niż faktury ustrukturyzowane – numery tych faktur),
• pominięty element Zamowienie,
• wypełniony element FaWiersz (zawierający pełne wartości dotyczące przedmiotu transakcji).

Pełna obsługa KSeF w programie DRUKI Gofin – już od 1.02.2026 r.

Z kolei gdy podatnik otrzymał 100% zapłaty na poczet dostawy towarów lub świadczenia usługi oraz wystawił w związku z tym fakturę zaliczkową, podatnik ten nie ma obowiązku wystawienia po wydaniu towaru lub wykonaniu usługi faktury końcowej. Jednak z uwagi na to, że przepisy nie zabraniają sporządzenia takiej faktury, podatnik wystawiając fakturę końcową w momencie wydania towaru lub wykonania usługi, gdy wcześniej do danej transakcji wystawił fakturę zaliczkową (100%), w fakturze końcowej powinien wyzerować podatek VAT. Dodatkowo taka faktura powinna zawierać numer faktury wystawionej przed dokonaniem dostawy lub wykonaniem usługi (numer faktury zaliczkowej). W związku z tym, wystawiając fakturę rozliczającą zerową w strukturze FA(3), podatnik:

• w części Fa:
  • w polu RodzajFaktury zastosuje oznaczenie „ROZ”,
  • w polu P_15 (kwota należności ogółem wynikająca z faktury) wskaże „0”,
  • w części FakturaZaliczkowa ujmie numer faktury zaliczkowej oraz znacznik faktury zaliczkowej wystawionej poza KSeF lub numer KSeF faktury zaliczkowej (jeśli była wystawiona w KSeF),
• w części FaWiersz wskaże pełne wartości dotyczące przedmiotu transakcji (w szczególności cenę jednostkową netto/brutto i wartość sprzedaży netto/brutto),
• pominie element Zamowienie.

Gazeta Podatkowa nr 8 (2300) z dnia 2026-01-26

VAT w najnowszych wyjaœnieniach organów podatkowych. Wszystko na ten temat w poradniku na GOFIN.pl