Naczelnik urzędu celno-skarbowego ma prawo przeprowadzić kontrolę celno-skarbową w zakresie przestrzegania prawa podatkowego, m.in. w zakresie prawidłowości rozliczenia podatku od towarów i usług. Wszczęcie kontroli celno-skarbowej następuje z urzędu, na podstawie upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej udzielonego kontrolującemu. Datą wszczęcia takiej kontroli jest dzień doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. Podatnicy po wszczęciu lub zakończeniu kontroli celno-skarbowej mają prawo złożyć nie tylko korekty weryfikowanych deklaracji VAT (w formie plików JPK_V7M lub JPK_V7K), ale także pierwotne deklaracje VAT (jeżeli wbrew obowiązkowi nie zostały wcześniej złożone).

Możliwość skorygowania deklaracji podatkowej w toku kontroli celno-skarbowej

Kontrolowany po otrzymaniu upoważnienia ma możliwość złożenia deklaracji VAT albo jej korekty w zakresie objętym kontrolą celno-skarbową. Może to zrobić w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia. Deklaracja i korekta deklaracji złożone po upływie tego terminu, a przed zakończeniem kontroli celno-skarbowej nie wywołują skutków prawnych. Powyższe zostało uregulowane w art. 62 ust. 4 ustawy o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2025 r. poz. 1131 ze zm.).

Podatnikowi, który po wszczęciu kontroli celno-skarbowej (w terminie 14 dni od dnia doręczenia upoważnienia do jej przeprowadzenia) złoży deklarację lub korektę deklaracji i najpóźniej w dniu złożenia tej deklaracji lub korekty wpłaci kwotę zobowiązania podatkowego lub zwróci nienależną kwotę zwrotu, naczelnik urzędu celno-skarbowego ustala dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości do 15% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe. Tak wynika z art. 112b ust. 2a ustawy o VAT (Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.) – przykład.

Korekta po zakończeniu czynności kontrolnych

Po zakończeniu czynności kontrolnych sporządzany jest wynik kontroli zawierający informację o stwierdzonych nieprawidłowościach lub ich braku. Doręczenie wyniku kontroli kończy kontrolę celno-skarbową. Podatnik ma prawo w terminie 14 dni od dnia doręczenia mu wyniku kontroli złożyć deklarację lub korektę deklaracji, jeżeli zgadza się w całości albo w części z nieprawidłowościami stwierdzonymi w wyniku kontroli. Deklaracja i korekta deklaracji złożone po upływie tego terminu, a przed doręczeniem postanowienia, o którym mowa w art. 83 ust. 3 ustawy o KAS (czyli o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe) nie wywołują skutków prawnych. Tak wynika z art. 82 ust. 3 ustawy o KAS.

Termin złożenia deklaracji lub korekty deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej oblicza się z zachowaniem zasad określonych w art. 12 § 1 i § 5 Ordynacji podatkowej (Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.). Do tych przepisów odsyła art. 94 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS.

W przypadku gdy organ uwzględnił deklarację lub korektę deklaracji, w których kontrolowany zgodził się w całości z nieprawidłowościami stwierdzonymi w wyniku kontroli, zawiadomienie o uwzględnieniu tej deklaracji lub korekty deklaracji doręcza kontrolowanemu oraz przesyła do właściwego dla niego naczelnika urzędu skarbowego (art. 83 ust. 2 ustawy o KAS). Późniejsze dokonanie antykorekty jest nieskuteczne. Skorygowanie deklaracji ani ponowne skorygowanie deklaracji po zakończeniu kontroli celno-skarbowej nie wywołują skutków prawnych w zakresie, w jakim dokonana korekta przewiduje cofnięcie ustaleń kontroli celno-skarbowej (z wyjątkiem przypadków wymienionych w art. 83 ust. 1d ustawy o KAS).

Natomiast w przypadku, gdy pomimo stwierdzonych, w wyniku kontroli celno-skarbowej, nieprawidłowości kontrolowany nie złoży w terminie deklaracji/korekty deklaracji, kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe. Postępowanie prowadzi naczelnik urzędu celno-skarbowego, który sporządził wynik kontroli. Od wydanej przez niego decyzji przysługuje już odwołanie do dyrektora izby administracji skarbowej.

Jeżeli po zakończeniu kontroli celno-skarbowej podatnik złoży korektę deklaracji uwzględniającą stwierdzone nieprawidłowości i najpóźniej w dniu złożenia tej korekty wpłaci zobowiązanie podatkowe lub zwróci nienależną kwotę zwrotu podatku VAT bądź złoży deklarację i najpóźniej w dniu jej złożenia ureguluje zobowiązanie podatkowe, to dodatkowe zobowiązanie w VAT ustalane jest w wysokości do 20% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe.

Zasady ustalania sankcji

Na podstawie art. 112b ust. 2b ustawy o VAT organ przy ustalaniu ww. sankcji (tj. do 20% lub do 15%) musi brać pod uwagę:

1) okoliczności powstania nieprawidłowości,

2) rodzaj i stopień naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości,

3) rodzaj, stopień i częstotliwość stwierdzanych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku,

4) kwotę stwierdzonych nieprawidłowości, w tym kwotę zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwotę zawyżenia zwrotu VAT lub różnicy podatku do obniżenia VAT należnego za następne okresy rozliczeniowe,

5) działania podjęte przez podatnika po stwierdzeniu nieprawidłowości w celu usunięcia skutków nieprawidłowości.

Przepisy ustawy o VAT wskazują także sytuacje, kiedy organ nie ustala ww. sankcji, m.in. w przypadku gdy zaniżenie kwoty do wpłaty lub zawyżenie kwoty zwrotu VAT lub różnicy podatku do obniżenia VAT należnego za następne okresy rozliczeniowe, wiąże się z:

a) popełnionymi w deklaracji błędami rachunkowymi lub oczywistymi omyłkami,

b) nieujęciem VAT należnego lub naliczonego w rozliczeniu za dany okres rozliczeniowy, a VAT należny lub naliczony został ujęty w poprzednich okresach rozliczeniowych lub w okresach następnych po właściwym okresie rozliczeniowym, jeżeli nastąpiło to przed dniem wszczęcia kontroli.

Ponadto przepisów art. 112b ust. 1 pkt 1, ust. 2 pkt 1 i ust. 2a oraz art. 112c ustawy o VAT nie stosuje się do wysokości kwoty odpowiadającej kwocie VAT wynikającej z otrzymanej faktury, zapłaconej z zastosowaniem mechanizmu podzielonej płatności (w tym również, w przypadku gdy kwota ta została zapłacona z zastosowaniem mechanizmu podzielonej płatności przez podatnika innego niż wskazany na fakturze).

Istotne jest też, że w przypadkach, o których mowa w art. 112b ust. 1 pkt 1, ust. 2 pkt 1 oraz ust. 2a ustawy o VAT, w zakresie, w jakim nieprawidłowość była skutkiem celowego działania podatnika lub jego kontrahenta, o którym podatnik miał wiedzę, i wynika w całości lub w części z obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wynikającą z faktury, która:

1) została wystawiona przez podmiot nieistniejący,

2) stwierdza czynności, które nie zostały dokonane – w części dotyczącej tych czynności,

3) podaje kwoty niezgodne z rzeczywistością – w części dotyczącej tych pozycji, dla których podane zostały kwoty niezgodne z rzeczywistością,

4) potwierdza czynności, do których mają zastosowanie przepisy art. 58 i art. 83 Kodeksu cywilnego (Dz. U. z 2025 r. poz. 1071 ze zm.) – w części dotyczącej tych czynności

– wysokość dodatkowego zobowiązania podatkowego w części dotyczącej podatku naliczonego wynikającego z powyższej faktury wynosi 100% (art. 112c ustawy o VAT).

Gazeta Podatkowa nr 24 (2316) z dnia 2026-03-23

Koszty i przychody na przełomie dwóch lat obrotowych. Wszystko na ten temat w poradniku na GOFIN.pl