Jak długo może trwać kontrola podatkowa w firmie?

Gazeta Podatkowa 04.11.2019 08:59 (aktualizacja: )

Kontrole podatkowe prowadzone w firmach przez urzędy skarbowe podlegają ograniczeniom czasowym. Urzędnicy muszą respektować roczne limity czasu ich trwania, datę zakończenia danej kontroli wskazaną w upoważnieniu do jej przeprowadzenia oraz termin przedawnienia podatku. Jest jednak wiele możliwości przedłużenia weryfikacji.

Roczny limit

Przedsiębiorcom, u których urząd skarbowy prowadzi kontrolę podatkową, zależy przede wszystkim na przestrzeganiu rocznego limitu czasu jej trwania wskazanego w art. 55 ust. 1 Prawa przedsiębiorców.

Łączny czas trwania wszystkich kontroli podatkowych prowadzonych przez urząd skarbowy w jednym roku kalendarzowym nie może przekroczyć u mikroprzedsiębiorców 12 dni roboczych, u małych przedsiębiorców - 18, u średnich przedsiębiorców - 24, a u pozostałych - 48. Przyjmuje się, że limity dotyczą kontroli w ścisłym tego słowa znaczeniu, czyli czasu przeznaczonego na czynności prowadzone w siedzibie przedsiębiorcy lub miejscu przechowywania jego dokumentacji rachunkowej (przykład 1). Nie wlicza się do nich działań wykonywanych w siedzibie organu podatkowego, np. analizy dokumentów czy sporządzenia protokołu kontroli (por. wyrok NSA z dnia 6 września 2018 r., sygn. akt II FSK 385/18).

Dozwolone jest przedłużenie czasu trwania kontroli podatkowej. Należy liczyć się z tym, jeżeli w jej trakcie zostanie ujawnione, że przedsiębiorca nie złożył wymaganej deklaracji albo zaniżył zobowiązanie podatkowe w wysokości przekraczającej równowartość 10% kwoty zadeklarowanego zobowiązania, jednak nie niższej niż 500 zł lub zawyżył stratę w wysokości przekraczającej równowartość 50% kwoty zadeklarowanej straty, ale nie niższej niż 2.500 zł. Czas trwania kontroli podatkowej nie może jednak w takim przypadku przekroczyć dwukrotności podstawowego limitu ustalonego dla danej kategorii przedsiębiorcy, czyli odpowiednio 24, 36, 48 lub 96 dni roboczych. Należy ponadto pamiętać, że ograniczeń czasowych nie stosuje się do niektórych kontroli, np. gdy dotyczą zasadności zwrotu VAT.

Data z upoważnienia

Czas trwania całej kontroli podatkowej - rozumianej jako ciąg wszystkich działań mających na celu weryfikację rozliczeń, wykonywanych nie tylko u przedsiębiorcy - nie jest tak rygorystycznie limitowany.

Kontrola podatkowa powinna zakończyć się bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie wskazanym w upoważnieniu do jej przeprowadzenia. Stanowi tak art. 284b § 1 Ordynacji podatkowej. Upoważnienie zawiera tylko przewidywany termin zakończenia kontroli podatkowej. Nie wlicza się do niego: terminów wskazanych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia kontroli podatkowej oraz okresów opóźnień spowodowanych z winy podatnika albo z przyczyn niezależnych od organu podatkowego.

Termin podany w upoważnieniu może być przedłużony, gdy okaże się, że nie uda się go dotrzymać. Kontrolujący mają obowiązek powiadomić podatnika na piśmie o każdym takim przypadku, podając przyczyny zwłoki i wskazując nowy termin zakończenia kontroli podatkowej. Dokumenty dotyczące czynności kontrolnych dokonanych po upływie terminu wskazanego w upoważnieniu nie mogą stanowić dowodu w ewentualnym pokontrolnym postępowaniu podatkowym, jeżeli nie został wyznaczony nowy termin zakończenia kontroli podatkowej. Termin może być określany na nowo wielokrotnie. Długotrwałe prowadzenie działań weryfikacyjnych nie musi być jednak uznane za przewlekłe, jeżeli podejmowane w sprawie czynności wynikają z kolejności zdarzeń oraz są konsekwencją informacji pozyskanych z materiałów dowodowych i wymagających dalszej analizy (por. wyrok WSA w Warszawie z dnia 9 listopada 2018 r., sygn. akt III SAB/Wa 34/18).

Kontrola podatkowa kończy się w dniu doręczenia podatnikowi protokołu kontroli zawierającego opis dokonanych ustaleń i ocenę prawną sprawy. Zgłoszenie zastrzeżeń lub wyjaśnień do ustaleń kontrolnych, a także rozpatrzenie przez urzędników wniesionych uwag i zawiadomienie podatnika o sposobie ich załatwienia nie są już elementami kontroli podatkowej. Należy je klasyfikować jako czynności pokontrolne. Czasu na nie przeznaczonego nie wlicza się więc do terminu trwania kontroli podatkowej (por. postanowienie WSA w Warszawie z dnia 29 października 2018 r., sygn. akt III SA/Wa 631/18).


Upoważnienie niezawierające przewidywanego terminu zakończenia kontroli podatkowej nie stanowi podstawy do jej przeprowadzenia.

Termin przedawnienia

Terminem, który ostatecznie ogranicza możliwość przeprowadzenia kontroli podatkowej, jest termin przedawnienia podatku.

Przedawnienie zobowiązania podatkowego następuje zasadniczo po 5 latach, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Termin przedawnienia wydłuża się, jeżeli jego bieg nie rozpocznie się, np. w związku z rozłożeniem spłaty zaległości podatkowej na raty, będzie zawieszony, np. po wniesieniu sprawy do sądu administracyjnego, lub zostanie przerwany, np. w wyniku zastosowania środka egzekucyjnego (zajęcia składnika majątku dłużnika) w toku postępowania egzekucyjnego. Wynika to z art. 70-71 Ordynacji podatkowej.

Tak samo długo - do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego - należy przechowywać dotyczące danego podatku księgi podatkowe i dokumenty związane z ich prowadzeniem (przykład 2). Niekiedy jednak z poszczególnych przepisów może wynikać wymóg dłuższej archiwizacji, np. podatnicy rozliczający VAT w systemie MOSS mają obowiązek przechowywać ewidencję transakcji objętych tą procedurą przez 10 lat od zakończenia roku, w którym dokonano świadczenia usług telekomunikacyjnych, nadawczych lub elektronicznych (art. 130d ust. 3 i art. 134 ust. 3 ustawy o VAT).

Samo prowadzenie kontroli podatkowej nie ma wpływu na bieg terminu przedawnienia sprawdzanego zobowiązania podatkowego - nie powoduje jego zawieszenia lub przerwania.

Przykład 1

Kontrola podatkowa dotycząca rozliczenia PIT za 2017 r. trwała u podatnika, mającego status mikroprzedsiębiorcy, od 23 września 2019 r. (dzień doręczenia upoważnienia) do 31 października 2019 r. (data doręczenia protokołu kontroli). Czynności kontrolne odbywały się w siedzibie przedsiębiorcy w dniach od 23 do 27 września 2019 r. oraz od 7 do 11 października 2019 r. W pozostałe dni kontrolujący wykonywali działania w urzędzie skarbowym. Kontrola podatkowa była prowadzona u przedsiębiorcy łącznie przez 10 dni roboczych, w związku z czym nie został przekroczony roczny limit czasu trwania kontroli podatkowych, który w przypadku mikroprzedsiębiorcy wynosi 12 dni roboczych.


Przykład 2

Urząd skarbowy wszczął u podatnika kontrolę podatkową w zakresie prawidłowości rozliczenia VAT za poszczególne miesiące 2014 r. Podatnik ma obowiązek przedstawić dokumenty dotyczące tego okresu. Zobowiązania w VAT za miesiące od stycznia do listopada 2014 r., których terminy płatności upłynęły w 2014 r., przedawnią się z dniem 31 grudnia 2019 r. Podatek VAT za grudzień 2014 r., którego termin płatności wypadał 26 stycznia 2015 r., przedawni się dopiero z dniem 31 grudnia 2020 r.

Podstawa prawna

Ustawa z dnia 29.08.1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2019 r. poz. 900 ze zm.)

Ustawa z dnia 6.03.2018 r. - Prawo przedsiębiorców (Dz. U. z 2019 r. poz. 1292)

Ustawa z dnia 11.03.2004 r. o VAT (Dz. U. z 2018 r. poz. 2174 ze zm.)


autor: Małgorzata Żujewska
Gazeta Podatkowa nr 88 (1650) z dnia 2019-11-04

Prawa i obowiązki kontrolowanego przedsiębiorcy. Wszystko na ten temat w poradniku na GOFIN.pl

Kontrola