Zadeklarowanie przez podatnika VAT zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w określonym terminie nie oznacza, że zwrot ten bezwzględnie zostanie w tym terminie dokonany. Organ podatkowy może bowiem uznać, że zasadna jest jego weryfikacja, która w określonych sytuacjach może skutkować przedłużeniem terminu zwrotu, czasem nawet wielokrotnym.

Przesłanki przedłużenia terminu zwrotu

Podatnik, u którego w danym okresie rozliczeniowym wystąpi w VAT nadwyżka podatku naliczonego nad należnym, ma prawo wystąpić o jej zwrot na swój rachunek prowadzony w banku lub SKOK. Podatnikowi, co do zasady, przysługuje zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w ciągu 40 dni od dnia złożenia rozliczenia (od 1 lutego br.), a w razie spełnienia ustawowych warunków zwrot może następować szybciej – w terminie 25 lub nawet 15 dni od dnia złożenia deklaracji. Ustawodawca uregulował również sytuacje, w których termin zwrotu wynosi aż 180 dni.

Zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, jeżeli zasadność zwrotu podatku wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć termin zwrotu do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, postępowania podatkowego, kontroli podatkowej lub celno-skarbowej. Co istotne, gdy weryfikacja zasadności zwrotu odbywa się w ramach kontroli podatkowej, organ podatkowy nie ma obowiązku zawiadomienia podatnika o zamiarze jej przeprowadzenia (art. 282c § 1 Ordynacji podatkowej). Po wszczęciu takiej kontroli informuje się natomiast kontrolowanego o przyczynie braku zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli.

Weryfikacja zasadności zwrotu różnicy podatku może obejmować sprawdzenie rozliczenia podatnika, rozliczeń innych podmiotów biorących udział w obrocie towarami lub usługami, będącymi przedmiotem rozliczenia podatnika oraz sprawdzenie zgodności tych rozliczeń z faktycznym przebiegiem transakcji (art. 87 ust. 2b ustawy o VAT).

W wyroku z dnia 19 czerwca 2020 r., sygn. akt I FSK 659/20, NSA podkreślił, iż nie można uznać za usprawiedliwioną przyczynę przedłużenia terminu zwrotu oczekiwania na informację od administracji z innych krajów, zwłaszcza gdy od wysłania wniosków w tej sprawie minął długi czas i brak jest wiadomości o toku ich procedowania.

Określenie daty zwrotu w postanowieniu o jego przedłużeniu

Termin zwrotu VAT można przedłużać nawet wielokrotnie. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty (por. wyrok NSA z dnia 24 listopada 2023 r., sygn. akt I FSK 1112/23).

Warto podkreślić, że istnieje wyjątek w zakresie możliwości przedłużenia terminu zwrotu VAT przez organ podatkowy. Wydłużeniu nie podlega bowiem termin zwrotu wykazany przez podatnika jako zwrot na rachunek VAT w terminie 25 dni od dnia złożenia rozliczenia.

Przedłużenie terminu zwrotu następuje na podstawie wydanego przez organ podatkowy postanowienia (art. 274b Ordynacji podatkowej). Postanowienie to powinno być należycie i wyczerpująco uzasadnione. Nie może być bowiem wątpliwości, że w konkretnej sprawie istnieje konieczność dodatkowej weryfikacji zasadności zwrotu VAT.

Istotne jest, aby w postanowieniu o przedłużeniu terminu zwrotu organ podatkowy wskazał nowy termin zwrotu podatku VAT.

Warunkiem skutecznego przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT jest doręczenie postanowienia w tej sprawie podatnikowi przed upływem terminu zwrotu. Jeżeli podatnik działa przez pełnomocnika, postanowienie doręcza się temu pełnomocnikowi.

Przedłużenie terminu na żądanie organów ścigania

Naczelnik urzędu skarbowego przedłuża podatnikowi termin zwrotu różnicy podatku, o którym mowa w art. 87 ust. 2, ust. 5a, ust. 5b, ust. 6 i ust. 6d ustawy o VAT, na podstawie żądania zgłoszonego przez:

• Komendanta Głównego Policji,
• Szefa Centralnego Biura Antykorupcyjnego,
• Szefa Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego lub
• Prokuratora Generalnego

w związku z prowadzonym postępowaniem na okres wskazany w żądaniu, nie dłuższy niż 3 miesiące. Żądanie zawiera uzasadnienie. W tym przypadku również, jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.

Złożenie zabezpieczenia majątkowego

Podatnik, który otrzymał postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu do zakończenia postępowania wyjaśniającego, może otrzymać zwrot VAT w ustawowym terminie, jeżeli złoży w urzędzie skarbowym zabezpieczenie majątkowe w wysokości odpowiadającej kwocie deklarowanego zwrotu. Stanowi o tym art. 87 ust. 2a-4f ustawy o VAT.

Zabezpieczenie majątkowe może być złożone w formie:

1) gwarancji bankowej lub ubezpieczeniowej,

2) poręczenia banku,

3) weksla z poręczeniem wekslowym banku,

4) czeku potwierdzonego przez krajowy bank wystawcy czeku,

5) papierów wartościowych na okaziciela o określonym terminie wykupu wyemitowanych przez Skarb Państwa lub Narodowy Bank Polski, bankowych papierów wartościowych i listów zastawnych o określonym terminie wykupu, wyemitowanych we własnym imieniu i na własny rachunek przez podmiot mogący być gwarantem lub poręczycielem zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej.

Zabezpieczenie majątkowe dotyczące zwrotu podatku w wysokości nie większej niż wyrażonej w złotych kwocie odpowiadającej równowartości 1.000 euro może być złożone w formie weksla. Przeliczenia kwoty wyrażonej w euro dokonuje się według średniego kursu euro ogłaszanego przez Narodowy Bank Polski na ostatni dzień roboczy okresu rozliczeniowego, którego dotyczy zwrot podatku, w zaokrągleniu do pełnych złotych.

Jeżeli wniosek i zabezpieczenie zostaną złożone na 13 dni przed upływem ustawowego terminu zwrotu podatku lub później, zwrot jest dokonywany w ciągu 14 dni od dnia złożenia zabezpieczenia (przykład).

Zabezpieczenie majątkowe zostaje zwolnione w dniu następującym po dniu:

1) zakończenia przez organ podatkowy weryfikacji, o której mowa w art. 87 ust. 2 – w przypadku zabezpieczenia, o którym mowa w art. 87 ust. 2a ustawy o VAT,

2) w którym upłynęło 180 dni od dnia złożenia deklaracji podatkowej, w której była wykazana kwota zwrotu podatku – w przypadku, o którym mowa w art. 87 ust. 5a ustawy o VAT.

Należy jednak podkreślić, że zwolnienia zabezpieczenia nie dokonuje się m.in. w przypadku wszczęcia, zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej, postępowania podatkowego w zakresie rozliczenia, którego dotyczy zabezpieczenie – do czasu zakończenia tego postępowania, lub kontroli podatkowej w zakresie rozliczenia, którego dotyczy zabezpieczenie – do upływu terminu 3 miesięcy od dnia zakończenia kontroli, jeżeli w tym terminie nie wszczęto postępowania podatkowego.

Podstawa prawna

Ustawa z dnia 29.08.1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.)

Ustawa z dnia 11.03.2004 r. o VAT (Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.)

Gazeta Podatkowa nr 17 (2309) z dnia 2026-02-26

Rozpoczęcie działalności gospodarczej – obowiązki w VAT. Wszystko na ten temat w poradniku na GOFIN.pl