Kiedy trzeba zapłacić sporną zaległość podatkową?

Zaległości podatkowej wynikającej z nieostatecznej decyzji urzędu skarbowego nie trzeba regulować, chyba że decyzja zostanie opatrzona rygorem natychmiastowej wykonalności. O nadaniu takiego rygoru może przesądzić sytuacja finansowa podatnika, wyzbywanie się przez niego majątku czy upływający termin przedawnienia podatku. Wstrzymanie wykonania ostatecznej decyzji jest możliwe po jej zaskarżeniu do sądu administracyjnego oraz ustanowieniu zabezpieczenia uregulowania zaległości podatkowej po zakończeniu sporu albo przekonaniu sądu administracyjnego o konieczności odsunięcia zapłaty w czasie.

Dobrowolna zapłata

Zasadą jest, że decyzja nakładająca na adresata obowiązek mogący być dochodzony w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji podlega wykonaniu dopiero wtedy, gdy stanie się ostateczna (art. 239a Ordynacji podatkowej).

Decyzja wydana przez naczelnika urzędu skarbowego nakładająca na podatnika obowiązek uiszczenia zaległości podatkowej, od której wniesiono odwołanie, jest nieostateczna i nie podlega realizacji. Podatnik ma prawo wstrzymać się z zapłatą do czasu rozpatrzenia sprawy przez organ odwoławczy i potwierdzenia przez niego obowiązku dokonania płatności. Urzędowi skarbowemu nie wolno podjąć żadnych działań zmierzających do uzyskania spornej zaległości podatkowej – ani wszcząć postępowania egzekucyjnego, ani dokonać z urzędu zaliczenia na zaległość podatkową nadpłaty podatku lub zwrotu VAT. Wykonaniem decyzji nie jest ustanowienie hipoteki przymusowej lub zastawu skarbowego.

Podatnik może dobrowolnie uiścić zaległość podatkową wynikającą z nieostatecznej decyzji. Warto brać to pod uwagę przede wszystkim ze względu na odsetkowe konsekwencje odsunięcia zapłaty w czasie. Wstrzymanie wykonania nieostatecznej decyzji nie ma wpływu na naliczanie odsetek za zwłokę od zaległości podatkowej. Trzeba je zasadniczo zapłacić za cały okres trwania postępowania podatkowego, jeżeli potwierdzi ono istnienie zaległości podatkowej. Redukcja obciążeń odsetkowych następuje jedynie w przypadku opieszałego prowadzenia sprawy. Przewiduje to art. 54 § 1 pkt 3 i pkt 7 Ordynacji podatkowej. Podatnik zapłaci mniejsze odsetki za zwłokę, gdy decyzję wydaną przez urząd skarbowy otrzyma po 3 miesiącach od rozpoczęcia postępowania podatkowego. Nie nalicza się ich za okres od dnia wszczęcia postępowania do dnia doręczenia decyzji. Obciążenia odsetkowe zmniejszają się także przy niewydaniu decyzji w ustawowym terminie przez organ odwoławczy. Odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia następnego po upływie tego terminu do dnia doręczenia decyzji adresatowi. Opisanych przerw w naliczaniu odsetek za zwłokę nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się podatnik lub jego przedstawiciel albo zwłoka powstała z powodów niezależnych od organu podatkowego. Jeśli podatnik nie skorzysta z możliwości dobrowolnego uregulowania zaległości podatkowej wynikającej z nieostatecznej decyzji, nie wolno mu rozporządzać swoim majątkiem w taki sposób, aby ewentualne uiszczenie zaległości podatkowej w przyszłości stało się trudne lub wręcz niemożliwe. Nie wolno mu usunąć, ukryć, zbyć, darować, zniszczyć, rzeczywiście lub pozornie obciążyć albo uszkodzić składników swojego majątku, gdy miałoby to na celu udaremnienie zabezpieczenia lub egzekucji zobowiązania wynikającego z decyzji. Za takie działania grozi odpowiedzialność karna.

Rygor wykonalności

Realizacja nieostatecznej decyzji jest dozwolona po nadaniu jej rygoru natychmiastowej wykonalności. Takie rozwiązanie stosuje się, o ile organ podatkowy uprawdopodobni, że zaległość podatkowa wynikająca z decyzji nie zostanie w przyszłości wykonana z powodu krótkiego okresu do upływu terminu przedawnienia podatku, trudnej sytuacji finansowej podatnika czy wyzbywania się przez niego majątku znacznej wartości (patrz ramka: Przesłanki nadania…).

Nadanie rygoru natychmiastowej wykonalności nie skraca terminu płatności wynikającego z decyzji lub przepisu prawa.

Nadanie nieostatecznej decyzji rygoru natychmiastowej wykonalności jest wyłączone w dwóch przypadkach. Po pierwsze, w razie wydania decyzji z zastosowaniem klauzuli przeciwko unikaniu opodatkowania lub środków ograniczających umowne korzyści, chyba że okres do upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego jest krótszy niż 3 miesiące. Po drugie, w przypadku wydania decyzji ustalającej lub określającej wysokość zobowiązania podatkowego, zwrotu podatku lub odsetek za zwłokę albo orzekającej o odpowiedzialności podatkowej płatnika lub inkasenta, osoby trzeciej czy spadkobiercy, w zakresie objętym wnioskiem, o którym mowa w art. 14m § 3 lub art. 14zl § 3 Ordynacji podatkowej.

Rygor natychmiastowej wykonalności decyzji nadawany jest w formie postanowienia przez urząd skarbowy (por. uchwałę NSA z dnia 28 października 2024 r., sygn. akt II FPS 2/24). Wchodzi ono do obrotu prawnego z chwilą doręczenia go adresatowi, a gdy adresat posiada pełnomocnika – pełnomocnikowi (por. uchwałę NSA z dnia 7 marca 2022 r., sygn. akt I FPS 4/21). Skuteczne doręczenie postanowienia pozwala urzędowi skarbowemu na wykonanie nieostatecznej decyzji – jeżeli podatnik uchyla się od jej realizacji – w trybie postępowania egzekucyjnego czy poprzez zaliczenie z urzędu na zaległość podatkową nadpłaty podatku lub zwrotu VAT. Postanowienie o nadaniu decyzji rygoru natychmiastowej wykonalności można zakwestionować, wnosząc zażalenie do dyrektora izby administracji skarbowej, ale nie wstrzymuje to realizacji decyzji. Dopiero uchylenie postanowienia pozwala na umorzenie wszczętego na jego podstawie postępowania egzekucyjnego. Należność wynikająca z decyzji opatrzonej rygorem natychmiastowej wykonalności przestaje być bowiem wymagalna. Następstwem umorzenia postępowania egzekucyjnego jest uchylenie dokonanych czynności egzekucyjnych, w tym zastosowane środki egzekucyjne nie skutkują przerwaniem biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego – w mocy pozostają jedynie prawa osób trzecich nabyte na skutek tych czynności (por. uchwałę NSA z dnia 28 kwietnia 2014 r., sygn. akt I FPS 8/13).

Kwota w zaświadczeniu

Sporna zaległość podatkowa widniejąca na koncie podatnika przekreśla szanse na uzyskanie zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach w celu przedłożenia go kontrahentowi, w banku, na uczelni itp.

Urząd skarbowy wydaje zaświadczenie o niezaleganiu w podatkach na wniosek podatnika. Wystawia je, gdy na podstawie posiadanej dokumentacji oraz informacji otrzymanych od innych organów podatkowych stwierdzi, że podatnik nie ma zaległości podatkowych. Urząd skarbowy ma obowiązek przed wydaniem zaświadczenia sprawdzić, czy w stosunku do wnioskodawcy nie toczy się postępowanie mające na celu ustalenie lub określenie wysokości jego zobowiązań podatkowych. Chodzi o postępowanie pierwszoinstancyjne. Jeśli jest ono prowadzone, a zgromadzony materiał dowodowy pozwala na zamknięcie sprawy, powinna być niezwłocznie wydana decyzja ustalająca lub określająca wysokość zobowiązań podatkowych w celu wykazania ich w zaświadczeniu. W przypadku gdy doręczenie decyzji kończącej pierwszoinstancyjne postępowanie podatkowe jest niemożliwe przed upływem terminu wydania zaświadczenia, urząd skarbowy nie może odmówić jego wystawienia, ale podaje w nim informację o prowadzonym postępowaniu lub jego zakończeniu. Reguluje to art. 306e § 2 i § 3 Ordynacji podatkowej.

Zaświadczenia o niezaleganiu w podatkach nie uzyska się natomiast, jeżeli w obrocie prawnym funkcjonuje decyzja określająca wysokość zaległości podatkowej, nawet gdy podatnik odwołał się od niej, a decyzja nie jest objęta rygorem natychmiastowej wykonalności. Wstrzymanie wykonalności decyzji nie oznacza zawieszenia jej bytu prawnego. Wynikająca z niej kwota do zapłaty nie może być dochodzona, ale stanowi zaległość podatkową. Zaświadczenie musi odzwierciedlać aktualny stan wiedzy o sytuacji wnioskodawcy – istniejący w dniu jego wydania. Urząd skarbowy musi więc uwzględnić istnienie kwoty, która chociaż nie może być przez administrację skarbową w żaden sposób dochodzona, to zgodnie z rozstrzygnięciem wprowadzonym do obrotu prawnego stanowi zaległość podatkową.

Decyzja ostateczna

Decyzja utrzymana w mocy po rozpatrzeniu odwołania staje się ostateczna i podlega wykonaniu – chyba że ta decyzja zostanie zaskarżona do sądu administracyjnego, a jej realizacja będzie wstrzymana przez organ podatkowy (pierwszej instancji) lub sąd administracyjny.

Organ podatkowy wstrzymuje wykonanie zaskarżonej decyzji, jeśli zostanie ustanowione odpowiednie zabezpieczenie zapłaty wynikającego z niej zobowiązania wraz z odsetkami za zwłokę. Może to zrobić z urzędu – po prawomocnym wpisie hipoteki przymusowej lub zastawu skarbowego, korzystających z pierwszeństwa zaspokojenia, albo na wniosek podatnika – po przyjęciu zabezpieczenia w postaci poręczenia banku, gwarancji ubezpieczeniowej lub innego wskazanego w art. 33d § 2 Ordynacji podatkowej (patrz ramka: Formy zabezpieczenia…). Wniosek podatnika podlega rozpatrzeniu bez zbędnej zwłoki, nie później niż w ciągu 14 dni. Niedotrzymanie tego terminu powoduje wstrzymanie wykonania decyzji do czasu doręczenia postanowienia w sprawie przyjęcia zabezpieczenia – chyba że przyczyny niezałatwienia wniosku leżą po stronie podatnika. Wstrzymanie realizacji decyzji następuje odpowiednio do wysokości odpowiadającej wartości przedmiotu hipoteki przymusowej lub zastawu skarbowego albo do wysokości zabezpieczenia przyjętego od podatnika. Obowiązuje do momentu uprawomocnienia się orzeczenia sądowego.

Sąd administracyjny ma z kolei możliwość wstrzymania wykonania decyzji w całości lub w części po otrzymaniu skargi – także w przypadku, gdy wcześniej wstrzymania odmówił organ podatkowy. Warunkiem zastosowania tego rozwiązania jest wykazanie przez skarżącego, że w wyniku realizacji decyzji zachodzi niebezpieczeństwo wyrządzenia znacznej szkody lub spowodowania trudnych do odwrócenia skutków. Stanowi tak art. 61 § 3 Prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Instytucja wstrzymania przez sąd administracyjny wykonania zaskarżonej decyzji nie służy zabezpieczeniu skarżącego przed jakimikolwiek skutkami realizacji decyzji, lecz przed takimi, których nie uda się naprawić przy wygraniu sporu sądowego z administracją skarbową. W orzecznictwie sądowym podkreśla się, że niebezpieczeństwo wyrządzenia znacznej szkody zachodzi wtedy, gdy szkoda nie będzie mogła być zrekompensowana wskutek zwrotu zapłaconej dobrowolnie lub wyegzekwowanej należności. Trudne do odwrócenia skutki to natomiast takie prawne lub faktyczne konsekwencje, które raz zaistniałe powodują istotną lub trwałą zmianę rzeczywistości, a powrót do stanu poprzedniego może nastąpić tylko po dłuższym czasie lub przy stosunkowo dużym nakładzie sił i środków (por. postanowienie NSA z dnia 29 kwietnia 2026 r., sygn. akt II FZ 26/26). Zawsze to skarżący musi uprawdopodobnić konieczność wstrzymania wykonania zaskarżonej decyzji. Jego wniosek powinien zawierać spójną argumentację, opartą na okolicznościach faktycznych sprawy, popartą odpowiednią dokumentacją. Sąd nie będzie poszukiwał argumentów przemawiających za wstrzymaniem wykonania zaskarżonej decyzji (por. postanowienie NSA z dnia 12 lutego 2026 r., sygn. akt III FZ 4/26).

Podstawa prawna

Ustawa z dnia 29.08.1997 r. – Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2026 r. poz. 622)

Ustawa z dnia 30.08.2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143)

Gazeta Podatkowa nr 48 (2340) z dnia 2026-06-15

Rozpoczęcie działalności gospodarczej – obowiązki w VAT. Wszystko na ten temat w poradniku na GOFIN.pl