Skarbówka zakwestionowała rozliczenie VAT przedsiębiorcy. Interweniował Rzecznik MŚP

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach uchylił decyzję Naczelnika Śląskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Katowicach dotyczącą rozliczenia podatku VAT przedsiębiorcy. Sąd uwzględnił istotne argumenty podnoszone przez przedsiębiorcę oraz Rzecznika Małych i Średnich Przedsiębiorców.

Rozstrzygnięcie stanowi konsekwencję wcześniejszych wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego o sygn. akt I FSK 1081/21, I FSK 1082/21 i I FSK 1111/21, a następnie wyroków WSA w Gliwicach o sygn. akt I SA/Gl 260/25, I SA/Gl 261/25 i I SA/Gl 262/25. W orzeczeniach tych wskazano, w jaki sposób organ podatkowy powinien ponownie rozpoznać sprawę.

Spór dotyczył transakcji, które organ uznał za element tzw. karuzeli podatkowej. Na tej podstawie zakwestionowano rozliczenia VAT przedsiębiorcy. Nie była to jednak pierwsza sprawa dotycząca jego działalności oraz współpracy z tymi samymi bezpośrednimi kontrahentami. We wcześniejszym postępowaniu, odnoszącym się do poprzedniego okresu rozliczeniowego, Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Częstochowie wydał ostateczną decyzję umarzającą postępowanie. Organ uznał wówczas, że nie zgromadzono dowodów pozwalających stwierdzić, iż przedsiębiorca świadomie uczestniczył w karuzeli podatkowej albo wiedział lub powinien był wiedzieć, że bierze udział w oszustwie.

Rzecznik MŚP, uczestnicząc w postępowaniu przed WSA w Gliwicach, podkreślał, że organ podatkowy nie może pominąć tej wcześniejszej decyzji. Powinien rzetelnie porównać obie sprawy i wyjaśnić, dlaczego podobne okoliczności dotyczące tego samego przedsiębiorcy oraz jego bezpośrednich kontrahentów zostały ocenione odmiennie. WSA w Gliwicach podzielił tę argumentację. Sąd stwierdził, że organ nie dokonał wymaganej przez NSA konfrontacji argumentacji przyjętej w zaskarżonej decyzji z motywami wcześniejszej, ostatecznej decyzji umarzającej postępowanie. Samo wskazanie, że sprawy dotyczyły innych okresów rozliczeniowych lub częściowo innych podmiotów uczestniczących w łańcuchu dostaw, nie stanowiło wykonania wiążących zaleceń sądów administracyjnych.

Sąd przypomniał również, że organ podatkowy ma każdorazowo obowiązek jednoznacznie określić, jaki mechanizm zarzuca przedsiębiorcy. Powinien rozstrzygnąć, czy sprawa dotyczy udziału w karuzeli podatkowej, czy też nadużycia prawa w rozumieniu orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Są to bowiem dwie odrębne konstrukcje prawne, oparte na innych przesłankach i podstawach prawnych. Organ nie może posługiwać się nimi zamiennie ani przedstawiać równolegle dwóch niespójnych wersji uzasadnienia. Przedsiębiorca musi bowiem wiedzieć, jakie konkretnie zachowanie jest mu zarzucane i na jakiej podstawie prawnej organ kwestionuje jego rozliczenia.

Wyrok WSA w Gliwicach potwierdza, że organ podatkowy ma obowiązek odnieść się do wszystkich istotnych okoliczności sprawy, w tym do wcześniejszych rozstrzygnięć korzystnych dla przedsiębiorcy. Nie może także przypisywać przedsiębiorcy świadomego udziału w oszustwie bez przedstawienia jasnej, spójnej i opartej na konkretnych dowodach argumentacji.

Nieprawomocny wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z 15 czerwca 2026 r., sygn. akt I SA/Gl 1412/25.

Źródło: Rzecznik MŚP