Dla celów podatku VAT likwidacja działalności zmusza do sporządzenia dodatkowego spisu z natury oraz wyceny tego spisu. Spisowi podlegają towary pozostałe na dzień zaprzestania wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu.

Informację o dokonanym spisie z natury, o ustalonej na jego podstawie wartości spisu i o kwocie podatku należnego, dołączyć należy do deklaracji podatkowej składanej za okres obejmujący dzień rozwiązania spółki lub zaprzestania wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu.

Objęcie spisem i opodatkowanie spisu ma swoje pozytywne konsekwencje – dostawa, której przedmiotem są towary objęte spisem z natury, podlega zwolnieniu od podatku przez okres 12 miesięcy od dnia zaprzestania czynności podlegających opodatkowaniu, pod warunkiem rozliczenia podatku od towarów objętych spisem z natury.

Spis z natury jest opodatkowany – podstawą naliczenia podatku jest rynkowa cena nabycia lub cena wytworzenia, właściwe na dzień opodatkowania. Oznacza to, że nie należy sugerować się ceną historyczną, lecz ceną obecnie stosowaną przy nabyciu takiego samego towaru na rynku. Podstawa opodatkowania nie ma się w żaden sposób zatem do wartości faktycznej towaru w dniu sporządzenia spisu. Obejmuje bowiem wartość towaru nowego, a nie towaru używanego, który objęty jest spisem. Jak wskazał Minister Finansów w interpretacji z dnia 05.02.2010 r. (sygn. PT3/068/20/KIP/726/CZE/08/PK-971): „podstawę opodatkowania przy nieodpłatnym przekazaniu stanowi cena nabycia, z tym że jest to cena określona w dniu dostawy, czyli cena jaką zapłaciłby w dniu nieodpłatnego przekazania podmiot za przekazywany towar, a nie cena w ujęciu historycznym, tj. cena za którą podmiot nabył przekazywany towar (telefon komórkowy lub sprzęt komputerowy)”.

Spis z natury obejmuje towary, w stosunku do których przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Zatem nie obejmuje on towarów, przy których nabyciu podatnik nie miał prawa odliczyć podatku VAT.