Spis z natury nie stanowi samodzielnej pozycji KPiR lub ewidencji przychodów, zatem nie księguje się go pod poz. 1 oraz pod ostatnią pozycją danego roku. Wpisu dokonać można w kartach księgi ale niejako osobno, nie sumując go z poszczególnymi pozycjami w trakcie roku.

Po zakończeniu miesiąca wpisy dokonane w danym miesiącu należy podkreślić, a dane z kolumn księgi zsumować. Wynikłe z podsumowania kwoty należy podkreślić. Podatnik może pod podsumowaniem danego miesiąca wpisać w poszczególnych kolumnach sumy od początku roku do miesiąca poprzedzającego dany miesiąc i w kolejnej pozycji wpisać w poszczególnych kolumnach sumę od początku roku. W tych podsumowaniach nie ujmuje się spisu z natury.

Jeżeli podatnik nie dokonuje podsumowania zapisów kolejnych miesięcy narastająco od początku roku, po zakończeniu roku podatkowego musi na oddzielnej stronie w księdze sporządzić zestawienie roczne. W tym celu należy wpisać do właściwych kolumn sumy z poszczególnych miesięcy i dodać je.

Spis z natury należy wpisać do księgi przychodów i rozchodów albo do ewidencji przychodów według poszczególnych rodzajów jego składników lub w jednej pozycji, jeżeli na podstawie spisu zostało sporządzone odrębne, szczegółowe zestawienie poszczególnych jego składników. Zestawienie przechowuje się łącznie z księgą. Dopiero podsumowując rok lub inny okres sprawozdawczy podatnik korzysta z wpisów dokonanych jako spis z natury.

W celu ustalenia dochodu osiągniętego w roku podatkowym należy na oddzielnej stronie księgi:

• ustalić wartość osiągniętego przychodu w roku podatkowym;
• w przypadku prowadzących KPiR - ustalić wysokość poniesionych w roku podatkowym kosztów uzyskania przychodów w sposób następujący:
  • do wartości spisu z natury na początek roku podatkowego doliczyć wartość zakupu towarów handlowych (materiałów), a następnie pomniejszyć o wartość spisu z natury sporządzonego na koniec roku podatkowego,
  • kwotę wynikającą z tego obliczenia powiększyć o kwotę wydatków oraz pomniejszyć o wartość wynagrodzeń w naturze w tej części, w której wydatki (koszty) związane z wynagrodzeniami w naturze zostały zaksięgowane w innych kolumnach księgi przychodów i rozchodów,
• wartość osiągniętego przychodu pomniejszyć o wysokość poniesionych w roku podatkowym kosztów uzyskania przychodu (KPiR); wynikająca z tego obliczenia różnica stanowi kwotę dochodu osiągniętego w roku podatkowym.

W przypadku podatnika rozliczającego ryczałt od przychodów ewidencjonowanych podatnik również jest obowiązany wpisać do ewidencji spis z natury według poszczególnych rodzajów jego składników lub w jednej pozycji (sumie), jeżeli na podstawie spisu zostało sporządzone odrębne szczegółowe zestawienie poszczególnych jego składników.

Zestawienie to powinno być przechowywane łącznie z ewidencją. W tym jednak przypadku podatnik nie musi korygować kwot przychodów o wartość spisu z natury. Wpisanie spisu z natury jest więc wyłącznie czynnością formalną.