Krajowy System e-Faktur budzi wśród przedsiębiorców wiele wątpliwości. Właściciele firm zastanawiają się na przykład nad kwestią: czy można odliczyć VAT, jeśli nasz kontrahent wystawi fakturę zakupową niezgodnie z nowymi regulacjami? Niejasności rozwiewa nowa interpretacja wydana przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej.
Wchodzący w życie 1 lutego Krajowy System e-Faktur jest materią bardzo skomplikowaną. Nic dziwnego, że przedsiębiorcy mają poważne wątpliwości dotyczące zasadności konkretnych działań związanych z tym systemem. Nie wiedzą też, jakimi skutkami prawnymi mogą skończyć się określone czynności.
Faktura niezgodna z przepisami. Czy można ją odliczyć?
Jedną z kwestii budzących wątpliwości jest to, czy należy odliczyć VAT w sytuacji, gdy kontrahent wystawi fakturę zakupową niezgodnie z nowymi przepisami. Pewna spółka postanowiła zabezpieczyć wcześniej swoje interesy w tym obszarze i wystosowała do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (KIS) prośbę o interpretację indywidualną.
Chodzi o spółkę komandytową będąca czynnym podatnikiem VAT i CIT. Prowadzi ona działalność sprzedażową i regularnie nabywa towary oraz usługi opodatkowane VAT. W swoim wniosku do Dyrektora KIS firma wskazała, że nabywane towary i usługi służą wyłącznie czynnościom opodatkowanym, wydatki spełniają kryteria kosztów uzyskania przychodów w CIT, a jednocześnie nie występują przesłanki negatywne z art. 88 ustawy o VAT.
Spółka wyraziła we wniosku przypuszczenie, że po 31 stycznia wciąż będzie otrzymywała faktury papierowe i „zwykłe” faktury elektroniczne (PDF, e-maile), a więc wystawione z pominięciem KSeF. Może to wynikać z różnych powodów – błędnej oceny statusu podatnika, braku wiedzy lub odpowiedniej technologii po stronie dostawcy czy nawet z mylnego skorzystania ze zwolnień. Spółka wystosowała pytanie do Dyrektora KIS:
„Czy w opisanym zdarzeniu przyszłym Wnioskodawcy będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych (…) również w przypadku, gdy – wbrew obowiązkowi – Faktura Zakupowa zostanie wystawiona bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur?”
Stanowisko spółki: powinno przysługiwać odliczenie
Jednocześnie wnioskująca spółka podkreśliła, że według niej prawo do odliczenia VAT nie powinno być uzależnione od tego, czy sprzedawca prawidłowo dopełnił obowiązku wystawienia faktury w KSeF. We wniosku zostało to opisane w następujący sposób:
„Zdaniem Wnioskodawcy, w opisanym zdarzeniu przyszłym będzie mu przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych dokumentujących nabycie Towarów lub Usług, również w przypadku, gdy Faktura Zakupowa – wbrew obowiązkowi – zostanie wystawiona bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur.”
Dyrektor KIS: naruszenie obowiązku nie ma znaczenia dla odliczenia
Jaka była odpowiedź Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej? W interpretacji indywidualnej wydanej 2 stycznia zgodził się on ze spółką i uznał jej powyższe stanowisko za właściwe. Według Dyrektora KIS wystawienie faktury poza KSeF nie ma znaczenia dla odliczenia VAT. Zatem otrzymanie faktury wystawionej z naruszeniem obowiązku korzystania w tym celu z nowego systemu nie pozbawia nabywcy prawa do odliczenia powyższego podatku – pod warunkiem, że spełnione są ogólne warunki wynikające z art. 86 ustawy o VAT i nie mają miejsca przesłanki negatywne z art. 88.
Według interpretacji przepisy dotyczące VAT – również te, które zaczną obowiązywać 1 lutego 2026 r. – nie zakazują odliczenia VAT w przypadku, gdy podatek naliczony wynika z faktur dokumentujących nabycie towarów i usług, wystawionych wbrew obowiązkowi, bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur – w sytuacji, gdy faktura odzwierciedla prawdziwe zdarzenie gospodarcze.
Interpretacja pozytywna dla wnioskodawcy
W interpretacji Dyrektor KIS podkreślił, że „dla istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury (nawet w przypadku wskazanym wyżej), obok fundamentalnych przesłanek takich jak status odliczającego jako czynnego, zarejestrowanego podatnika VAT i związek zakupionych towarów i usług z czynnościami opodatkowanymi (u odliczającego) i faktycznie zrealizowana transakcja, to również najistotniejsze jest to, by nabyta usługa lub towar podlegały opodatkowaniu i nie korzystały przy tym ze zwolnienia od tego podatku”.
Ostatecznie odpowiedź skarbówki na pytanie wnioskodawcy brzmi: „należy stwierdzić, że będzie Państwu przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego wynikającego z Faktur Zakupowych wystawionych na Państwa rzecz przez Dostawców – wbrew obowiązkowi – bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur, przy założeniu, że spełnione będą pozostałe warunki uprawniające Państwa do skorzystania z prawa do odliczenia podatku naliczonego”.
Źródło: interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z 2 stycznia 2026 r. – sygn. 0111-KDIB3-1.4012.857.2025.1.MSO.