OgraniczeÅ„ czasu kontroli nie stosuje siÄ™, w przypadkach gdy:

• ratyfikowane umowy miÄ™dzynarodowe stanowiÄ… inaczej; 
• przeprowadzenie kontroli jest niezbÄ™dne dla prowadzonego przeciwko przedsiÄ™biorcy Å›ledztwa lub dochodzenia; 
• odrÄ™bne przepisy przewidujÄ… możliwość przeprowadzenia kontroli w toku postÄ™powania prowadzonego przez organ; 
• przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione zagrożeniem życia, zdrowia lub Å›rodowiska naturalnego; 
• kontrola dotyczy zasadnoÅ›ci dokonania zwrotu podatku od towarów i usÅ‚ug przed dokonaniem tego zwrotu; 
• przeprowadzenie kontroli jest realizacjÄ… obowiÄ…zków wynikajÄ…cych z przepisów prawa wspólnotowego o ochronie konkurencji lub przepisów prawa wspólnotowego w zakresie ochrony interesów finansowych Wspólnoty Europejskiej;
• kontrola dotyczy zasadnoÅ›ci dokonania zwrotu podatku od towarów i usÅ‚ug na podstawie przepisów o zwrocie osobom fizycznym niektórych wydatków zwiÄ…zanych z budownictwem mieszkaniowym (od 01.01.2006r.).

Zatem spowodowanie jednej czy dwóch kontroli zwrotu podatku VAT może skutecznie uniemożliwić organom podatkowym w danym roku podatkowym kontrolÄ™ prawidÅ‚owoÅ›ci rozliczeÅ„ podatku dochodowego.

Przedłużenie czasu trwania kontroli określonego w upoważnieniu wymaga uzasadnienia na piśmie. Uzasadnienie doręcza się przedsiębiorcy i wpisuje do książki kontroli przed podjęciem dalszych czynności kontrolnych.

Jeżeli wyniki kontroli wykazały rażące naruszenie przepisów prawa przez przedsiębiorcę, można przeprowadzić powtórną kontrolę w tym samym zakresie przedmiotowym w danym roku kalendarzowym, a czasu jej trwania nie wlicza się do limitu.

Ograniczenia czasu kontroli nie stosuje się wobec działalności przedsiębiorców w zakresie objętym:

• szczególnym nadzorem podatkowym, na podstawie ustawy z dnia 24 lipca 1999 r. o SÅ‚użbie Celnej (Dz. U. z 2004 r. Nr 156, poz. 1641); 
• nadzorem nad rynkiem kapitaÅ‚owym i towarowym, na podstawie ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. - Prawo o publicznym obrocie papierami wartoÅ›ciowymi, ustawy z dnia 27 maja 2004 r. o funduszach inwestycyjnych (Dz. U. Nr 146, poz. 1546) oraz ustawy z dnia 26 października 2000 r. o gieÅ‚dach towarowych; 
• nadzorem bankowym, na podstawie ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Prawo bankowe i ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. o Narodowym Banku Polskim (Dz. U. Nr 140, poz. 938, z późn. zm.18)), oraz nadzorem nad instytucjami pieniÄ…dza elektronicznego, na podstawie ustawy z dnia 12 wrzeÅ›nia 2002 r. o elektronicznych instrumentach pÅ‚atniczych; 
• nadzorem ubezpieczeniowym, na podstawie ustawy z dnia 22 maja 2003 r. o dziaÅ‚alnoÅ›ci ubezpieczeniowej oraz ustawy z dnia 22 maja 2003 r. o nadzorze ubezpieczeniowym i emerytalnym oraz Rzeczniku Ubezpieczonych (Dz. U. Nr 124, poz. 1153 i Nr 170, poz. 1651 oraz z 2004 r. Nr 93, poz. 891 i Nr 96, poz. 959); 
• nadzorem emerytalnym, na podstawie ustawy z dnia 22 sierpnia 1997 r. o pracowniczych programach emerytalnych (Dz. U. z 2001 r. Nr 60, poz. 623 oraz z 2002 r. Nr 25, poz. 253 i Nr 141, poz. 1178), ustawy z dnia 28 sierpnia 1997 r. o organizacji i funkcjonowaniu funduszy emerytalnych (Dz. U. z 2004 r. Nr 159, poz. 1667) oraz ustawy z dnia 22 maja 2003 r. o nadzorze ubezpieczeniowym i emerytalnym oraz Rzeczniku Ubezpieczonych; 
• nadzorem weterynaryjnym, na podstawie ustawy z dnia 21 sierpnia 1997 r. o ochronie zwierzÄ…t (Dz. U. z 2003 r. Nr 106, poz. 1002 oraz z 2004 r. Nr 69, poz. 625, Nr 92, poz. 880 i Nr 96, poz. 959), ustawy z dnia 23 sierpnia 2001 r. o Å›rodkach żywienia zwierzÄ…t, ustawy z dnia 6 wrzeÅ›nia 2001 r. - Prawo farmaceutyczne, ustawy z dnia 27 sierpnia 2003 r. o weterynaryjnej kontroli granicznej (Dz. U. Nr 165, poz. 1590 oraz z 2004 r. Nr 69, poz. 625), ustawy z dnia 10 grudnia 2003 r. o kontroli weterynaryjnej w handlu (Dz. U. z 2004 r. Nr 16, poz. 145), ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. o wymaganiach weterynaryjnych dla produktów pochodzenia zwierzÄ™cego (Dz. U. Nr 33, poz. 288), ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. o Inspekcji Weterynaryjnej (Dz. U. Nr 33, poz. 287 i Nr 91, poz. 877) oraz ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o ochronie zdrowia zwierzÄ…t oraz zwalczaniu chorób zakaźnych zwierzÄ…t (Dz. U. Nr 69, poz. 625).

Mniejszy limit czasowy kontroli dotyczy mikroprzedsiębiorców oraz małych i średnich przedsiębiorców, tzn. przedsiębiorców, którzy w co najmniej jednym z dwóch ostatnich lat obrotowych:

1. zatrudniali Å›redniorocznie mniej niż 250 pracowników oraz 
2. osiągnęli roczny obrót netto ze sprzedaży towarów, wyrobów i usług oraz operacji finansowych nieprzekraczający równowartości w złotych 50 milionów euro, lub sumy aktywów jego bilansu sporządzonego na koniec jednego z tych lat nie przekroczyły równowartości w złotych 43 milionów euro.

Wyrażone w euro w.wym. kwoty przelicza się na złote według średniego kursu ogłaszanego przez Narodowy Bank Polski w ostatnim dniu roku obrotowego wybranego do określenia statusu przedsiębiorcy (w przypadku osób fizycznych będzie to 31 grudnia ostatniego roku).

kary